El nombre de Murillo el Fruto aparece ampliamente documentado a lo largo de la Edad Media. La primera parte del nombre no ofrece dificultad, proviene del étimo latino MURELLUM. La segunda parte, “Fruto”, nada tiene que ver con la palabra latina “fructus”, sino con “fractum”. Así lo defiende Menéndez Pidal en su libro “Orígenes de español”. Considera este filólogo que “Morelo freto”, que se encuentra en un documento de 1099 del monasterio Jesús Nazareno de Montearagón (Huesca), y su evolución “Murello freito”, documentado en el mismo monasterio en 1149, derivan del latín “fractum”, roto, destruido.
Poco se conoce de la datación histórica sobre el origen de Murillo. Por esta zona se encontraba el castillo, llamado por los árabes “al-Qastil” (el castillo), del que se apoderó el emir cordobés Muhammad I en el año 860 y fue arrasado en la campaña de Abd al-Rahman III contra Pamplona en el año 924. Algunos autores identifican este castillo con Murillo el Fruto. También se cita este castillo en la persecución de Ramiro Garcés por el Tuyibi Abd al-Rahman ibn Yahyà después del encuentro de Estercuel en el año 975.

Por tanto, Murillo el Fruto se menciona con ocasión de las hostilidades entre cristianos y musulmanes que preludiaron en el siglo IX la formación del reino de Pamplona. No es fiable la noticia de la concesión a sus repobladores del fuero de Medinaceli por el rey Pedro I (1102).

Era Villa de señorío realengo, cuya pecha anual cifró por "fuero" Sancho VII el Fuerte (1207) en 400 sueldos, más 150 cahíces de trigo y otros tantos de cebada y avena, sin perjuicio de las labores que los vecinos debían prestar en las obras del castillo y en el cultivo de las heredades directas de la corona. En  1266, el rey Teobaldo II dio a tributo perpetuo, a los habitantes de Murillo, todas las yerbas, casas, cubas, viñas y piezas que tenía en aquel lugar y sus términos, por 30 cahíces de trigo, 30 de cebada y 100 sueldos anuales, reteniendo el rey para sí la caza de los coneillos (conejos), y que no pudiesen cortar árbol ni leña ninguna sin su orden; pero que pudieran pacer las yerbas y poner soteros (guardas) que las guardasen. El mismo rey comunica en 1269 al concejo de Murillo que ha hecho donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos (“Çalduçassarra, Arçiçuloa y Oylarçaldua) situados entre Carcastillo y Santacara, por la margen misma del monasterio, por los que dicho monasterio pagaba anteriormente y cada año 15 cahíces de trigo, cantidad que formaba parte de los 60 cahíces que tributan como pecha los de Murillo al rey y que, a partir de ahora, los monjes estaban exentos de pagar; lo que se les informa para que en lo sucesivo no apremien al monasterio con obligaciones que ya no tiene. En 1271, Enrique I, rey de Navarra, confirma al concejo de Murillo la donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos reales, hecha por su difunto hermano Teobaldo e insta a los de Murillo a que respeten dichos sotos, situados al otro lado del río Aragón, y a que pongan guardas para su vigilancia. Felipe III de Evreux confirmó (1331) a Murillo (Murieillo Freyto) los fueros otorgados por Sancho el Fuerte (1207), Teobaldo II (1266) y Enrique I (1271).
En el año 1222 la villa de Murillo el Fruto se obligó por escritura a dar paso por sus términos a los monjes, carros y cabalgaduras del Monasterio de la Oliva que fuesen y viniesen de Castelmunio (La Oliveta).
A finales del siglo XII (1291) era alcaide de Murillo el Fruto Martín Martínez de Úriz, con una retenencia anual de 8 libras y 40 cahíces, y se hicieron reformas en el castillo.
En el año 1330 aparece como alcaide Diego Pérez de Ezperun, con una asignación de 6 libras y 30 cahíces.

Y contemplando su fachada, ahora mas detenidamente, verá, a la altura del cuerpo noble, que campea un blasón de color blanco y cuyos relieves están bastantes rebajados. Pocos