 El nombre de Murillo el Fruto aparece ampliamente documentado a lo largo de la Edad Media. La primera parte del nombre no ofrece dificultad, proviene del étimo latino MURELLUM. La segunda parte, “Fruto”, nada tiene que ver con la palabra latina “fructus”, sino con “fractum”. Así lo defiende Menéndez Pidal en su libro “Orígenes de español”. Considera este filólogo que “Morelo freto”, que se encuentra en un documento de 1099 del monasterio Jesús Nazareno de Montearagón (Huesca), y su evolución “Murello freito”, documentado en el mismo monasterio en 1149, derivan del latín “fractum”, roto, destruido. Poco se conoce de la datación histórica sobre el origen de Murillo. Por esta zona se encontraba el castillo, llamado por los árabes “al-Qastil” (el castillo), del que se apoderó el emir cordobés Muhammad I en el año 860 y fue arrasado en la campaña de Abd al-Rahman III contra Pamplona en el año 924. Algunos autores identifican este castillo con Murillo el Fruto. También se cita este castillo en la persecución de Ramiro Garcés por el Tuyibi Abd al-Rahman ibn Yahyà después del encuentro de Estercuel en el año 975. Por tanto, Murillo el Fruto se menciona con ocasión de las hostilidades entre cristianos y musulmanes que preludiaron en el siglo IX la formación del reino de Pamplona. No es fiable la noticia de la concesión a sus repobladores del fuero de Medinaceli por el rey Pedro I (1102). Era Villa de señorío realengo, cuya pecha anual cifró por "fuero" Sancho VII el Fuerte (1207) en 400 sueldos, más 150 cahíces de trigo y otros tantos de cebada y avena, sin perjuicio de las labores que los vecinos debían prestar en las obras del castillo y en el cultivo de las heredades directas de la corona. En 1266, el rey Teobaldo II dio a tributo perpetuo, a los habitantes de Murillo, todas las yerbas, casas, cubas, viñas y piezas que tenía en aquel lugar y sus términos, por 30 cahíces de trigo, 30 de cebada y 100 sueldos anuales, reteniendo el rey para sí la caza de los coneillos (conejos), y que no pudiesen cortar árbol ni leña ninguna sin su orden; pero que pudieran pacer las yerbas y poner soteros (guardas) que las guardasen. El mismo rey comunica en 1269 al concejo de Murillo que ha hecho donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos (“Çalduçassarra, Arçiçuloa y Oylarçaldua) situados entre Carcastillo y Santacara, por la margen misma del monasterio, por los que dicho monasterio pagaba anteriormente y cada año 15 cahíces de trigo, cantidad que formaba parte de los 60 cahíces que tributan como pecha los de Murillo al rey y que, a partir de ahora, los monjes estaban exentos de pagar; lo que se les informa para que en lo sucesivo no apremien al monasterio con obligaciones que ya no tiene. En 1271, Enrique I, rey de Navarra, confirma al concejo de Murillo la donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos reales, hecha por su difunto hermano Teobaldo e insta a los de Murillo a que respeten dichos sotos, situados al otro lado del río Aragón, y a que pongan guardas para su vigilancia. Felipe III de Evreux confirmó (1331) a Murillo (Murieillo Freyto) los fueros otorgados por Sancho el Fuerte (1207), Teobaldo II (1266) y Enrique I (1271). En el año 1222 la villa de Murillo el Fruto se obligó por escritura a dar paso por sus términos a los monjes, carros y cabalgaduras del Monasterio de la Oliva que fuesen y viniesen de Castelmunio (La Oliveta). A finales del siglo XII (1291) era alcaide de Murillo el Fruto Martín Martínez de Úriz, con una retenencia anual de 8 libras y 40 cahíces, y se hicieron reformas en el castillo. En el año 1330 aparece como alcaide Diego Pérez de Ezperun, con una asignación de 6 libras y 30 cahíces.
En octubre de 1337, con ocasión del compromiso matrimonial entre Pedro IV de Aragón y la infanta María, hija de Felipe III de Evreux y Juana II, ordenaron los reyes de Navarra a todos los ricoshombres, caballeros e hidalgos del reino que, si fueran requeridos por el gobernador para ello, recibiesen las guardas de los castillos comprometidos en las capitulaciones como prenda de la dote, y prestasen homenaje al de Aragón, desligándose del vasallaje que debían a los reyes de Navarra. Con la misma fecha, mandaron a los alcaides de Arguedas, La Estaca, Santacara, Murillo el Fruto, Gallipienzo y Burgui que rindiesen a Saladín de Angleura cuando éste se lo requisiese. El 6 de febrero de 1366, Carlos II confía la guarda del castillo a Martín Pérez de Gallipienzo, escudero, a la retenencia nuevamente ordenada y a los usos y emolumentos acostumbrados. El 15 de marzo de 1379 López Martínez de Uriz es el nuevo alcaide del castillo de Murillo el Fruto. Carlos II concedió las rentas de la Villa a Juan de Bearne (1381), con una renta anual de 600 libras de carlines prietos para él y para sus hijos varones. El 13 de mayo de 1385 Ramonet de Sort presta homenaje a Carlos II por el castillo y villa de Murillo el Fruto comprometiéndose contra todos sus enemigos, excepto los reyes de Francia e Inglaterra. En 1387 se efectúan cuentas con los recibidores de la merindad de Sangüesa. Figura el castillo de Murillo el Fruto, que había sido entregado a manos de un particular, concretamente a Beltrán de Lacarra. El 17 de noviembre 1390 Carlos III comunica a García Lópiz de Lizasoain, tesorero del reino, que, en atención a Bertrán de Lacarra, su chambelán, ha perdonado a los de Murillo la mitad de los 24 florines que debían de la parte que les correspondía pagar por el último cuartel de las ayudas de 60.000 y 30.000 florines en el año de la fecha. Al año siguiente vuelve el rey a perdonar de nuevo una parte de la pecha. En 1395, Johan Bipper aparece como alcalde de Murillo y todo el concejo de dicha villa reconoce que ha recibido de Pedro Pérez de Aoiz, recibidor de la merindad de Sangüesa, 18 libras por 20 cahíces de trigo que se les tomaron para la provisión del hostal del rey y de la infanta. Esta villa fue empeñada en 1402 por la corona (Carlos III) a favor del rey de Aragón, don Martín el Humano, cuando se casó el hijo de éste, Martín de Sicilia, con doña Blanca de Navarra, hija del rey, futura esposa de Juan II y madre del Príncipe de Viana. El 10 de abril de 1407 el rey Carlos III hace saber que había decidido que la villa de Olite fuera cabeza de merindad, incluyendo a Murillo el Fruto, que hasta la fecha pertenecía a la merindad de Sangüesa. En 1412 el mismo monarca comunica a García Lopiz de Roncesvalles, tesorero del reino que considerando el pobre estado del alcalde, jurados y concejo de Murillo el Fruto les ha concedido la remisión de 8 florines que le fueron otorgados para sus necesidades. Asimismo en 1418 comunica al tesorero del reino que después de ser informado de que una tempestad de granizo ha destruido todos los frutos de pan y vino de Murillo el Fruto concedió la remisión a sus habitantes de una parte de la pecha. Lo mismo sucede en 1421, año en el que Betrán de Lacarra reconoce que recibió de Johan Periz de Tafalla, recibidor de la merindad de Olite, una importante cantidad de dinero sobre la pecha de sus labradores. El 20 de diciembre del mismo año Johan de Ezpelete recibe de Johan Periz de Tafalla 30 cahíces de cebada, por un dono a voluntad, asignado sobre los tercios de la pecha de Pitillas, Santacara y Murillo el Fruto. Dos años después Carlos III considerando el pobre estado de los vecinos y habitantes de Murillo les concede gracia y remisión de la tercera parte de la pecha ordinaria de pan y dinero durante diez años. Con motivo de la boda de Felipe de Navarra, hijo de Leonel, hermano bastardo de Carlos III, con Juana de Peralta, hija de Mosén Pierres el Viejo, en 1424, Carlos III le concedió 3.500 florines y ordenó que mientras no les fuesen pagados a él o a sus herederos y sucesores, pudieran percibir, por cuenta de ellos, las pechas que en dinero, trigo y cebada, debían al rey los lugares de Murillo el Fruto, Santacara y Pitillas, con la laguna de Sabasán, sin descuento alguno, después de la muerte de B. de Lacarra que a la sazón las tenía. No llegó a disfrutar D. Felipe de dichas pechas, pues en 1442 lo había impedido el príncipe de Viana, que en 1447 se las dio a Juan de Beaumont, y las recuperó su viuda Juana en el mes de noviembre de 1450 por orden del rey D. Juan II, quien renovó la donación al mariscal D. Pedro, hijo de los dichos D. Felipe y Juana, para sí y sus sucesores.
 En 1430 aparece como alcaide de Murillo el Fruto Martín Periz de Navar, y ese mismo año se remite la pecha por tres años consecutivos a causa de las mortandades de la última riada que había causado grandes daños en la acequia de su regadío. La reina comunica al recibidor de Olite en 1430 que descuente de su cuenta a los de Murillo el Fruto ciertas cantidades gastadas por ellos en el año anterior en la reparación del castillo. En Noviembre de 1440 por orden del príncipe al recibidor de Olite ordena tener en cuenta la remisión de 29 cahíces de trigo y otro tanto de cebada en consideración a la gran sequía y pedregada posterior y para que se pudiese evitar la ausencia de la gente. Dicha remisión suponía la mitad de la pecha. Las luchas entre agramonteses y beaumonteses también se trasladan a Murillo el Fruto. En 1468, la princesa doña Leonor confirma la donación del castillo y pechas que su hermano el Príncipe de Viana había hecho a Juan de Beaumont en 1447. Pero don Pedro de Navarra, agramontés, pretextando tener derecho, tomó este castillo. Parece ser que esta acción del Mariscal fue después de haber acordado cierto género de paz con los beaumonteses, porque el conde de Foix y doña Leonor recriminaron en el año 1469 la conducta del Mariscal diciendo que “estando el rey de Navarra en buena paz con sus gentes, contraviniendo a ella, se alzaron con el castillo y fortaleza de Murillo el Fruto, que tenía don Juan de Beaumont, y que, aunque la princesa fue personalmente a mandarles que lo dejaran, la recibieron con insultos y nuevas rebeliones, y que Mosén Pierres de Peralta, tío del Mariscal, se declaró contra ella”. Más tarde los monarcas Catalina y Juan III empeñaron esta villa al mariscal Pedro de Navarra en 1498 para su casamiento con Doña Mayor de la Cueva. Los reyes hicieron merced a Pedro de Navarra de 3.000 ducados y que entretanto que no se le entregase dicha suma, recibiese los cuarteles y alcabalas de los pueblos de S. Martín, Pitillas, Murillo el Fruto y Beire, con la jurisdicción baja y mediana. Estos pueblos tornaron a la corona pagando ellos mismos los 3.000 ducados, habiendo concedido la reina el que se pudiesen resarcir de esa cantidad perdonándoles los cuarteles y alcabalas durante 30 años, merced que confirmó Fernando el Católico en 1513. A partir de la segunda mitad del s. XV los alcaldes sucesivos que aparecen son Fernando de los Barrios, Hugo de Urriés y Junday de Urriés. Debido a una serie de desgracias, Juan de Rada, sin duda agramontés, vino a Murillo en 1452 después de recibir permiso de Juan II para reedificar o trasladar desde Rada a otro punto su maltrecho palacio, y le concede la alcaidía del castillo de Murillo para que la goce él y todos los que vinieren de él con los salarios y emolumentos que gozan los otros castellanos de los otros castillos perpetuamente. Construye un palacio del que se conserva una parte y en el que, más tarde, se adosó una lápida con el escudo de armas sobre la puerta principal, que reza :
En 1500 volvemos a tener noticias de Juan de Rada y Sarasa por el retablo que mandó colocar en una capilla dedicada a San Blas en la iglesia de Santa María. Pocos años después Pedro de Rada sostuvo pleito con los hijos de su hermano Juan sobre la herencia procedente de la generación anterior, diferencias que ocasionaron una sentencia arbitraria dando a Pedro facultad para vincular a su apellido los bienes del objeto de litigio. En el año 1512 tras la anexión del reino a Castilla, Pedro de Rada se sublevó junto con otros castillo por la independencia de Navarra al pretender Juan de Labrit recuperar su trono cruzando los Pirineos con el apoyo francés. Tras una maniobra rápida de las fuerzas castellanas, el castillo fue abatido y Pedro de Rada fue capturado y ajusticiado públicamente en Tafalla (“ descoyuntado a puros tormentos”, según el historiador Garibay). Durante 1516 se produce el derribo del castillo por orden del cardenal Cisneros para no ser apto en posibles sublevaciones. En 1528 se comienza la construcción de la iglesia de Santa María sobre una primitiva iglesia protogótica y se acaba en 1582 ( en 1558 Pedro de Arceiz había terminado el retablo mayor). Durante los siglos XVI y XVII, Murillo el Fruto mantuvo diversos pleitos con los marqueses de Cortes por las pechas que pagaba a causa de la ya mencionada merced de 1424. El pueblo consideraba que tenía derecho al rescate y así volver a ser realengo. Carlos V lo confirmó en 1552, pero en 1558 se seguía pleito en la chancillería de Valladolid sobre si tenía o no tal derecho. Después de largas y continuas disputas, en 1689 se llegó a un acuerdo entre la Corona y el Marqués por el que éste pagaba 8.000 reales de a 8, moneda de este reino del cuño antiguo, a la Corona y ésta le cedía las pechas, consistentes en 210 robos de trigo y otros tantos de cebada, más 20 reales en metálico, que eran depositados anualmente en los graneros que los marqueses poseían en Traibuenas, lugar desde donde administraban su latifundio. Murillo el Fruto pagó este tributo hasta que en 1845 quedó abolido por sentencia de la Audiencia Provincial de Pamplona. Anteriormente a 1781, no se conoce documentación de puente alguno. Fue en esta fecha cuando el concejo de Murillo encargó la construcción de un puente de piedra y D. Santos Ángel Ochandátegui calculó los gastos en 112.753 reales fuertes. Las obras acabaron o estaban a punto de acabarse, pero la famosa “avenida de Sangüesa” de 1787 destruyó gran parte de lo construido, dejando al pueblo sin puente hasta que se edificó uno de hierro en 1903. Hubo que emplear la barca que pasaba hasta la orilla de Carcastillo. Hay noticias de la rehabilitación de la barca en 1840 fecha en la que se recibe una carta que decía: “Está bien proceda ese Ayuntamiento a la reposición de la Barca que existía sobre el río Aragón y hobo de mandarse inutilizar al principio de la guerra; pero ha de ser con la condición precisa de quedar obligada la corporación a destruir totalmente en el momento en que tenga noticias de que se dirige a ella alguna fuerza enemiga procedente del Aragón u otro distrito”. Revisado en Junio 2008 por Juan José Lacosta Gabari y Javier Garriz Gabari
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